Строительство крестильного дома планировалось завершить в конце 1991 года, но произошла инфляция, и деньги, с таким трудом собранные общиной, превратились в ничто. Господь словно испытывал чад Своих, желая удостовериться, готовы ли они к строительству храма. Члены общины не собирались сдаваться, и наконец на окраине города в окружении сосен и берез появилось белоснежное здание, похожее на прекрасный сказочный корабль. Две части домика, пожертвованного «Бамтоннельстроем», стали пристройками по бокам храма, в центре возвышалась высокая звонница. А колокола, которые находятся сейчас на звоннице храма — это исключительно заслуга Юрия Александровича Ильина, который в то время был мэром Протвино.
Внутренние работы еще не были завершены, пол только собирались отделывать мрамором, но храм уже открыл свои двери для верующих — иерей Виктор Шкабурин совершал богослужения каждую пятницу. Зимой стоять на бетонном полу было очень холодно, поэтому прихожане приносили войлочные коврики и вставали на них во время службы.
Православная община регулярно проводила собрания, на которых обсуждали результаты работы приходского Совета и планы на будущее, принимали новых членов. На одном из таких собраний 8 апреля 1993 года председательствующий — архимандрит Иосиф огласил текст указа митрополита о назначении священника Александра Лобана настоятелем храма Всех Святых в Земле Российской Просиявших.
К началу 1994 года в храме по субботним, воскресным и праздничным дням регулярно совершались богослужения, требы и таинства, каждое воскресенье крестились от 10 до 20 человек, проходили венчания и отпевания. Работала воскресная школа, основанная отцом Александром, где более 50 детей изучали Закон Божий, Священную историю, Православную историю Отечества, церковно-славянский язык, занимались в кружках рисования, резьбы по дереву, вышивания. Кроме того, была договоренность создать в детском саду №9 православную группу, а затем – православный класс в школе №4.
С 1993 по 1994 годы воскресной школой занималась матушка Елизавета, а с 1994 года настоятель храма священник Павел Пиданов благословил руководить воскресной школой одного из ее преподавателей — Лилию Геннадьевну Самохину.
«Работать было очень интересно, — рассказывает Лилия Геннадьевна, — мы учили детей и вместе с ними учились сами, ездили на экскурсии в музеи, организовывали паломнические поездки по святым местам. Вскоре число учеников воскресной школы достигло 120 человек. Дети с таким удовольствием ходили на занятия, что вскоре преподаватели школы уже читали лекции для родителей. Впоследствии отец Павел организовал воскресную школу для взрослых и телеклуб, которые работают по сей день. А сначала пришлось нелегко — мы не знали, как преподавать, не было программ обучения, и чтобы в этом разобраться, я поступила в Иоанно-Богословский институт в Москве. Сейчас в храм приходит больше подростков и молодежи, а во время служб по большим праздникам люди часто стоят за пределами храма — внутри все не помещаются».
27 ноября 1993 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий назначил настоятелем храма священника Павла Пиданова.
«Страна переживала очень трудные времена, но люди ходили в храм с большим воодушевлением, — вспоминает отец Павел. — Икон тогда у нас было немного, среди них иконы Божией Матери «Тихвинская» и «Иверская», икона Трех святителей, образ Николая Чудотворца и так далее. Чаще всего иконы дарили прихожане, спасая некоторые из разрушенных храмов. Здание храма в ту пору отапливалось тепловыми пушками, электрическое отопление провели позже. К 2003 году в храме появились иконы целителя Пантелеимона, Матроны Московской и Матроны Рязанской, а также очень редкая икона мученика Уара, которому молятся за некрещеных близких и младенцев. В 2012 году мы начали вести запись чудес от чудотворных икон — Божией Матери «Тихвинская», «Неупиваемая Чаша» и Блаженной Матроны Московской».