Храм строили всем миром — никогда бы не появилось такого прекрасного здания без Института физики высоких энергий и его директора Анатолия Алексеевича Логунова, СМУ-1, УС-620, «ТОНОТ», МСУ-95, МП «Каравелла» и многих других предприятий Протвино и жителей города. Интерьер храма был выполнен по проекту и под руководством известного московского художника-иконописца Алексея Валерьевича Артемьева. Значительную часть настенных росписей и иконостас мастер выполнил собственноручно. Члены общины, среди которых было много сотрудников ГНЦ ИФВЭ, попросили митрополита освятить храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы, что и было сделано 3 августа 1997 года. Свое желание физики объяснили тем, что первый запуск ускорителя ГНЦ ИФВЭ состоялся в праздник Покрова Пресвятой Богородицы. Все эти годы власти города оказывали и продолжают оказывать храму поддержку. Так, например, в 2002 году была заменена крыша храма, находящаяся в аварийном состоянии, в 2005 году выполнена отделка фасада лепными украшениями.
Когда прихожане стали спрашивать, где можно заказать иконы для своих нужд, решено было открыть при храме иконописную мастерскую, и она появилась в 2000 году. Художники пишут иконы с соблюдением всех канонов и правил, используют сухую, выдержанную липовую доску, а вместо красок — растертые в порошок минералы и в том числе полудрагоценные. Нимбы и фон по желанию заказчика покрывают сусальным золотом, а сверху на икону наносят льняную олифу, которая закрепляет слои краски и защищает икону от влажности. Время создания каждой иконы составляет от 1 до 2 месяцев.
Особые слова благодарности следует сказать об одном из прихожан храма, замечательном человеке с большой душой — генеральном директоре ООО «Протвинские семечки от Марышкина» Александре Гавриловиче Марышкине. Он оказывал храму огромную поддержку, а в конце мая 2007 года при поддержке фонда «Глас» на собственные средства начал строительство еще одного здания храмового комплекса — Водосвятной Крестильни с купелью. Власти города выделили под новое здание земельный участок площадью 0,5 га. Архитектором проекта стал Геннадий Юрьевич Роман. Одновременно православная община разрабатывала эскизный проект 2-этажного здания воскресной школы, надеясь также построить ее при поддержке жителей города. Завершить свое благое и богоугодное дело Александр Гаврилович не успел — в марте 2009 года его жизнь трагически оборвалась. Стройка остановилась. Отец Павел обратился к властям и предприятиям Протвино с просьбой помочь, и в октябре 2009 года был создан Совет попечителей храма. Члены попечительского Совета распределили оставшиеся работы, генеральным подрядчиком назначили МУП «ОКС», работы по водоотведению выполнило ОАО «ПРОТЭП», городские службы провели коммуникации и уличное освещение. Крестильня в честь блаженной Матроны Московской была открыта в 2010 году в Крещенский сочельник, и вода из артезианской скважины наполняет ее купель.
В 2011 году силами Попечительского совета совместно с Администрацией был проведен капитальный ремонт храма Покрова Пресвятой Богородицы и в том числе вызолочен иконостас. В 2012 году Попечительский совет выполнил капитальный ремонт помещений храма — ризницы, воскресной школы, трапезной, крестильни.
Церковная община участвует и в жизни города. Так, с 2007 года при поддержке ОМВД проводятся крестные ходы по территории Протвино. В Доме ученых для горожан были проведены встречи с богословом, диаконом Андреем Кураевым. Создана школа катехизаторов для проведения огласительных бесед с желающими принять таинство Крещения, при храме открыта библиотека православной литературы и видеотека. Духовенство храма сотрудничает с властями города, предприятиями, школам и библиотеками, военными частями Подмосковья, в том числе освящает вновь построенные объекты, среди которых здания суда, полиции, подвижного состава ГИБДД. Настоятель храма протоиерей Павел Пиданов, протоиерей Владимир Зотов и иерей Андрей Приставкин осуществляют пастырское служение на территории городской больницы.