В 1989 году в наукограде при обществе «Диалог» открылась певческая школа, и ее организаторы поставили себе задачу познакомить детей с содержанием Ветхого и Нового Заветов, иконописью, историей православия, житиями святых. Пришло время и для строительства православного храма, и в том же году Виктор Шкабурин и его помощники обратились в Московскую епархию, чтобы узнать, как строить церковь. Им объяснили, что сначала надо открыть банковский счет, поскольку каждый храм — это отдельная организация, а перед этим организовать приход, состоящий, как минимум, из 20 взрослых человек, в котором должны быть староста, казначей и ревизионная комиссия.
Вскоре в газете «Ускоритель» появилось объявление, которое гласило, что христианская община для обсуждения вопроса по строительству храма в Протвино приглашает горожан встретиться в Горсовете в среду 6 декабря или выразить свое отношение в письмах в адрес редакции «Ускорителя».
«На собрании была избрана «двадцатка» и приходской совет, то есть инициативная группа верующих, взявших на себя заботы по регистрации общины, а в перспективе — и строительства православного храма, — год спустя сказал корреспонденту «Ускорителя» староста приходского Совета православной общины Протвино Виктор Шкабурин. — Наладилось конструктивное сотрудничество с руководством Института. А с городскими властями у нас самые тесные связи в силу того, что заместитель председателя приходского Совета Сергей Яковлевич Сычков и я сам являемся депутатами городского Совета. Отношение большинства депутатов к строительству храма в Протвино — самое заинтересованное и благожелательное».
Регистрация прихода церкви продолжалась долгих полгода. В отличие от других обществ и объединений советских граждан, которым для начала своей деятельности достаточно было зарегистрироваться в местном Совете народных депутатов, регистрацию религиозной общины должны были утверждать в 5 инстанциях: горисполкоме, Совете по делам религий Московской области, Мособлисполкоме, Совете по делам религий РСФСР и, наконец, в Совете по делам религий СССР. Хождение по инстанциям пришлось на период междувластия, когда новые Советы еще не были сформированы, а старые уже отказывались брать на себя какую-либо ответственность. Все это происходило в сложный для России период — перестроечные времена, и официальный статус удалось получить только в мае 1990 года. К тому времени Виктор Шкабурин, певчий и регент московских храмов Знамения Божьей Матери, Иоанна Воина, Святителя Николая в Кузнецах и других, принял священнический сан.
Строительство православной святыни в Протвино поддерживали далеко не все — некоторые считали, что наука и религия несовместимы. Отец Виктор объяснил на страницах «Ускорителя», что это глубокое заблуждение: «Френсис Бэкон писал, что лишь малое знание уводит от Бога, большое знание вновь возвращает к Нему. Сферы деятельности физики и религии так же различны, как, скажем, физики и философии: физик может быть материалистом или идеалистом, верующим или неверующим. Многие известные учёные были ревностными христианами. Ньютон, наряду с трудами по физике и механике, писал богословские трактаты. Паскаль говорил, что когда он работает в лаборатории, то всегда молится. Открыто исповедовал христианскую веру во времена гонений академик Павлов. Верующими были Вернадский и Планк, биолог Тимофеев-Ресовский и офтальмолог Филатов, не говоря о ученом-энциклопедисте Павле Флоренском или известном хирурге Войно-Ясенецком, которые после революции приняли священный сан. Назначение религии — вести человека к Богу, указывая путь ко спасению. Назначение науки — изучать и объяснять законы природы, строение окружающего мира, созданного Богом. И именно физики, математики, астрономы, имеющие дело с абстракциями такого уровня, который трудно перевести из сферы математических формул на язык обыденных представлений, именно они могут скорее воспринять труднопостижимые символы и образы Священного Писания. Поэтому не удивительно, что почти половину нашей общины составляют физики — теоретики и экспериментаторы, электронщики и ускорительщики».